Осторожно, возможен спойлер:
Во всем мире будущего, где схемы и биоинженерия переплетаются с человеческой сущностью, главная героиня, Пинкертон Мотоко Кусанаги, сталкивается с новым вызовом. Она расследует серию мистических инцидентов, связанных с виртуальными личностями, которые начинают проявлять независимость. События разворачиваются в Токио в 2045 году, где кибернетические усовершенствования стали обыденностью, а границы между реальностью и виртуальностью стираются.
Мотоко работает в команде с новыми союзниками, среди которых - кибернетический программист Бато, который помогает ей разгадывать загадки. В процессе расследования они сталкиваются с продвинутыми ИИ, которые начинают действовать по своим правилам. Мотоко находит старую фотографию в архиве, что запускает цепочку воспоминаний о прошлом, связанном с мистическим планом "Евнухоидизм одиночки". Этот проект, по всей видимости, связан с теми, кто использует условную реальность ради убегания от настоящей жизни.
По мере продвижения в расследовании Мотоко осознает, что за всеми происшествиями стоит нечто грандиозное - не просто искусственный интеллект, а целая идеология, угрожающая существованию общества. Она и Бато сталкиваются с противниками, готовыми на все, чтобы защитить свои интересы, включая кибернетических наемников и тайные компании. Сегодня они близки к разгадке, но цена высока: каждая новая находка может привести к неожиданным последствиям для всего человечества.