Осторожно, возможен спойлер:
Посередине киносюжета "Мистического сада" находится любовница по имени Мэри Леннокс. Она становится сиротой после гибели опекунов в Индии и переезжает к своему дяде, мистеру Крэвену, в беспросветное англосаксонское поместье. Тут Мэри сталкивается с одиночеством и холодом, окруженная незнакомыми людьми и таинственной атмосферой. Исследуя окрестности, она находит заброшенный сад, о котором никто не говорит. Этот сад, окруженный высокими стенами, становится для нее символом надежды и возможности изменить свою жизнь.
Постепенно Мэри заводит дружбу с местными жителями, среди которых добросердечный садовник Бен Уотсон и больной мальчик Колин, который живет в доме дяди. Мэри решает воскресить заброшенный сад, и это становится для нее настоящим приключением. Она начинает раскрывать секреты, связанные как с садом, так и с ее новым окружением. Совместно с Беном они ухаживают за растениями, и постепенно сад начинает расцветать. Мэри также помогает Колину, который, как и сад, находится в заточении из-за своей немощи и страха.
Развитие событий приводит к тому, что Мэри и Колин начинают обретать уверенность, а сад становится местом их силы и исцеления. Мэри находит не только друзей, но и свои личные силы, чтобы справиться с горем и одиночеством. Теперь они близки к разгадке тайн, которые охватывают их жизни, но цена высока.