Осторожно, возможен спойлер:
Посередине киносюжета «Черепашки-ниндзя» разыскиваются четверо братьев-черепашек: Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль. Они обучаются искусству ниндзя под руководством своего наставника, крысы Сплинтера, в подвале заброшенного сооружения в Нью-Йорке. Время действия современное, и черепашки стремятся защитить свой город от угроз, исходящих от преступной организации «Клан Фут», возглавляемой Шреддером.
Все начинается с того, что черепашки сталкиваются с новыми нападениями «Клана Фут» на улицах. В то время как Леонардо старается взять на себя роль значимого руководителя и защитника, его братья предпочитают различные пути в борьбе с преступностью. Микеланджело, с его легкомысленным характером, стремится к приключениям и веселью, в то время как Донателло разрабатывает новые схемы и гаджеты для борьбы с врагами. Рафаэль, напротив, сражается с внутренними демонами и часто оказывается в конфликтах с Леонардо.
Ситуация обостряется, когда черепашки встречают таинственную девушку по имени Эйприл О'Нил, которая оказывается журналисткой и помогает им раскрыть планы «Клана Фут». Вместе они сталкиваются с множеством препятствий - от сражений с ниндзя до разгадывания загадок, ведущих к слухам о древних артефактах. Сегодня они близки к разгадке, однако цена высока - их дружба и доверие друг к другу подвергаются испытаниям, а мир, в котором они живут, становится все более опасным.