Осторожно, возможен спойлер:
Во всем мире, где человечество снова сталкивается с угрозой из глубин океана, события «Тихоокеанского рубежа 2» развиваются спустя несколько лет после первой части. Главные герои, Ами и Джейк, продолжают сражаться с кайдзю, которые вновь активизировались и атакуют Землю. Джейк, наследник знаменитого пилота, стремится утвердить свою значимость в этой войне, в то время как Ами, молодая пилотесса, пытается выяснить правду о своем прошлом. Они оба направляются на склад в Безветренном океане, где происходит подготовка к грядущим сражениям.
Сюжет разворачивается с того, что Ами находит старую фотографию своего отца, который погиб в битве с кайдзю. Это открытие заставляет ее глубже копнуть в историю борьбы и тайны, о которых говорили только шепотом. В то время как Джейк, испытывая давление своих личных сомнений, решает, что им необходимо объединить усилия, чтобы разгадать загадки, связанные с новыми атаками монстров. Их пути пересекаются, и они постепенно начинают доверять друг другу, понимая, что только вместе могут противостоять угрозам.
Постепенно они сталкиваются с новыми врагами - не только с кайдзю, но и с силами, которые пытаются использовать эту войну в своих интересах. На горизонте появляется мистическая организация, которая имеет свои планы на технологии, разработанные для борьбы с монстрами. Ами и Джейк осознают, что им нужно не только сразиться с кайдзю, но и раскрыть истинные намерения своих противников. Они близки к разгадке, но цена высока - им предстоит сделать выбор, который изменит не только их судьбу, но и судьбу всего человечества.